O Secretariado da Federação é o órgão executivo da Federação, composto por um mínimo de 9 e um máximo de 17 elementos eleitos pela CPF sob proposta do Presidente da Federação.
O Secretariado Federativo para o biénio 2014/16 foi eleito na primeira reunião da Comissão Política Federativa em 3 de janeiro de 2014 e alargado na Comissão Política extraordinária de 17 de julho de 2015, após a emigração de parte dos seus membros originais.
O Secretariado Federativo da JS Évora é composto por:
- João Romão (Presidente da Federação)
- Anabela Cardoso
- Alberto Rafael Santos
- Diogo Estudante
- Rita Paias
- David Serrachino
- Margarida Sanina
- Rosendo Costa
